Dalam menjalankan Program Kerja, Pusat Layanan Pembiayaan Pendidikan dipimpin oleh Kepala Pusat yang dibantu oleh Kasubbag Tata Usaha dan tiga Kelompok Kerja. Masing-masing Kelompok Kerja diketuai oleh seorang Koordinator Program dan dibantu oleh beberapa Sub-Koordinator Program.
